Un virus rode, le SARS-CoV-2. Il provoque une maladie respiratoire pandémique, le COVID 19, il n’existe pas de vaccin, des traitements font polémique, seul le diagnostic biologique permet d’appréhender l’extension de la maladie et de justifier de mesures individuelles et collectives. Il semble établi que ce virus soit aussi hébergé par les chauves-souris et un mammifère, le pangolin. Ces animaux sont commercialisés sur un marché aux animaux vivants à Wuhan. Le séquençage à haut débit a permis l’identification du virus et l’isolation de séquences du génome permettant le diagnostic. Il permet aussi une étude phyllogénétique de la diffusion de diverses souches mutées du virus et d’appréhender les mécanismes épidémiologiques de diffusion de ces souches. Deux méthodes de diagnostic se disputent l’actualité, la RT-PCR et les sérologies. Loin de s’opposer, elles sont complémentaires.
A la recherche du patient 0
Ce jour nous apprenons qu’un patient, Hamirouche HAMMAR était déjà contaminé en France fin décembre 2019, il est la preuve d’une circulation du virus très précoce en France, sans doute limitée par l’effet des grèves, mais surtout par la pauvreté de la symptomatologie dans la majorité des cas. Il faudra sans doute la rendre concommittente de compétitions sportives qui se sont déroulées à Wuhan avec la participation de 10000 sportifs provenant du monde entier…Ce qui est certain : c’est de Wuhan que tout est parti …et il n’est pas moins certain que la diffusion mondiale est une réalité. Des études d’analyse rétrospective de scanners du début du mois de novembre suggère que déjà le virus circulait, probablement pas en quantité critique.
L’existence d’un patient quasi zéro plusieurs mois avant l’apparition officielle du virus en France n’a pas qu’un intérêt épisodique, c’est un fait majeur qui vient battre en brèche des modèles mathématiques présomptifs. Ces extrapolations statistiques souffrent de prémisses erronées. Tel est le modèle publié par l’Institut Pasteur. Pour mémoire, ces modèles sont fondés sur une date de départ de l’épidémie en France rapportée à des modèles mathématiques connus et fondés sur la diffusion du virus grippal. Or la date initiale est fausse et ce n’est pas du tout la grippe…De plus, la population de référence ne contenait pas de patients asymptomatiques. Ainsi, on peut imaginer qu’un patient qui se sait atteint préserve son entourage.
La trilogie des diagnostics biologiques
Le diagnostic virologique : Il repose sur la mise en évidence directe du virus par la mise en culture ou l’observation en microscopie électronique, il est réservé aux laboratoires de recherche et en l’occurrence à des laboratoires dont le niveau de sécurité est au minimum P3.
Le diagnostic génomique viral : Il s’agit de tests de biologie moléculaire dits de RT-PCR abusivement qualifiés de virologiques, ils identifient et amplifient de façon très spécifique le génome viral. Ce test ne permet pas de savoir si le virus enveloppé et infectieux est présent, cependant l’ARN libre est très fragile et on présume la présence du virus entier sans pouvoir tout à fait l’affirmer et c’est gênant quand la question se pose de l’infectivité de cet individu, question à laquelle le test ne répond pas.
Le diagnostic sérologique : Il met en évidence les anticorps que tout individu infecté produit, ils sont produits par les lymphocytes B et ont pour objectif de reconnaître le virus comme une entité étrangère et de l’éliminer. Ainsi, dans toute maladie virale la règle veut que l’apparition des anticorps signe la fin de la maladie et du potentiel infectieux. Ce potentiel infectieux se manifeste plusieurs jours avant l’apparition de tout signe clinique, pendant l’incubation, d’où le danger que présentent dans la population ces patients contaminés et non diagnostiqués.
RT-PCR vs sérologie : le faux débat
Les tests génomiques
L’émergence du diagnostic génomique viral, dont la RT-PCR est une des modalités, est une technique récente accessible à tous les laboratoires, cette technique met en évidence l’existence d’une séquence nucléotidique caractéristique du SARS-CoV-2. C’est un diagnostic de certitude. Ce test permet détecte le génome viral dans les fosses nasales et le cavum pendant les six jours où il s’y reproduit.
Il s’agit d’un diagnostic de certitude. C’est à dire que la positivité du test est la preuve d’une infection active ou très récente. Cette méthode appliquée au diagnostic du SARS COV 2 présente un certain nombre de limites. Le test est positif pendant les 6 premiers jours de l’expression clinique de la maladie, et même trois jours avant. Cependant et c’est une faille majeure, dans 35% des cas le résultat est faussement négatif alors que l’ensemble des éléments cliniques, radiologiques et l’anamnèse permettent le diagnostic contradictoire de certitude. Ceci n’est pas dû à la qualité du prélèvement, comme certains l’affirment, car ces chiffres sont retrouvés dans les meilleures équipes et traduisent l’absence du virus au lieu de prélèvement au moment du prélèvement…D’autre part, le test ne démontre pas le pouvoir infectant résiduel, puisque ce n’est pas le virus entier qui est identifié, mais ses restes nucléaires. Ces derniers persistent longtemps après la guérison.
Il n’est pas décrit de portage chronique ou de forme chronique de la maladie comme par exemple dans certaines hépatites. On peut s’interroger sur la pertinence de ce genre de test isolé réalisé en grand nombre en aveugle car en l’absence de signes cliniques évocateurs quelle est la pertinence d’un test faussement négatif sur un sujet manifestement contaminant quand la puissance du test est explicitement faible en raison des 35% de faux négatifs observés dans les meilleures équipes.
Le test en aucun cas ne permet de garantir d’une réapparition secondaire de la maladie. Dans ce domaine la RT-PCR n’a aucune supériorité par rapport au sérodiagnostic. Nous pensons qu’il n’y a pas de réapparition secondaire ni de réinfestations, donc match nul pour les tests sur ce point.
Le test de RT-PCR ne permet donc pas non plus d’affirmer par sa négativation que le patient n’est pas infectieux. Mais c’est justement le reproche exprimé par rapport au sérodiagnostic dont certains, téméraires, soutiennent qu’ils ne seraient pas protecteurs.
(Il a été observé des persistances d’un test positif dans des atteintes graves, un mois après exposition, ceci invalide la prescription d’une éviction sur une base de quatorzaine, certains pays pratiquent une éviction de trente jours, post diagnostic ce qui nous paraît plus raisonnable au plan médical. Il n’a pas été étudié de façon extensive la disparition de la positivité de la RT PCR sur des patients pauci symptomatiques.)
En résumé, ce test génomique indispensable n’a pas la puissance qu’on veut bien lui attribuer. Il n’est pas sensible pratiqué au mauvais moment ou au mauvais endroit.
Ce test n’est pas adapté en France à une utilisation extensive car il est malaisé, douloureux parfois et particulièrement traumatisant chez l’enfant, alors que l’on décide de rouvrir les petites classes. La réalisation du test présente un risque majeur de contamination pour le préleveur et l’environnement à cause de l’aérosol qu’il produit et par ses conséquences sur l’environnement du local qui est donc contaminé. Ce test est extrêmement chronophage. `
En Allemagne, par exemple, où infiniment plus de tests ont été réalisés, le prélèvement n’est pas rhinopharyngé mais bien oro-pharyngé, (c’est à dire dans la gorge), ce qui est très facile à réaliser en quelques secondes, peut être réalisé en auto prélèvement et il n’est en aucun cas démontré que le test soit significativement moins performant dans sa forme oro-pharyngée. Certaines publications permettent de penser que le prélèvement rhinopharyngé serait légèrement plus productif mais est ce que cela en vaut vraiment la peine considérant le nombre élevé de faux négatifs.
Personne ne réalise de prélèvements profonds de type LBA (Lavage broncho alvéolaire). Le fait que seul le prélèvement rhinopharyngé soit remboursé constitue en France un obstacle majeur à la réalisation de l’acte. simplifié.
Le diagnostic sérologique un test robuste, automatisable et très fiable
Il vient compléter la RT-PCR. Dans cette virose, comme dans toute virose, l’introduction du virus expose l’antigène d’enveloppe virale, notamment les spicules au système immunitaire qui développe en réaction une réponse coordonnée cellulaire puis humorale. La sérologie a pour but de détecter et de quantifier cette réponse extrêmement spécifique en mesurant la quantité d’anticorps anti viraux présents dans le sang périphérique du patient.
Les anticorps sont des protéines synthétisées et secrétées par les effecteurs de la réponse humorale, les lymphocytes B, deux classes d’anticorps apparaissent successivement, les IGM d’apparition précoces mais de spécificité moins élevée, les IGG d’apparition plus tardive et de très grande spécificité, un peu comme des clés qui n’ouvriraient qu’une seule serrure.
Le test sérologique met en évidence des anticorps immuns persistants qui témoignent de la réaction de l’organisme visant à éliminer le virus, on constate que ce virus est très immunogène comme souvent les espèces d’origine animales récemment introduites chez l’homme. Il est admis que l’apparition des anticorps signe la guérison de la maladie proprement virale. Il est admis qu’un individu produisant des anticorps n’est plus contaminant. On a admis qu’une période de 14 jours après le début des symptômes permet d’être suffisante pour mettre un terme à l’éviction. Cela reste à discuter.
Les types de tests pratiqués sont principalement l’immuno-chromatographie et l’immuno-enzymologie, cette dernière est automatisable. L’Institut Pasteur a développé intramuros 4 tests sérologiques dont des tests permettant d’appréhender le pouvoir neutralisant des anticorps. Ces tests non commerciaux ne paraissent pas adaptés à la biologie de routine et pour certains nécessitent un laboratoire P3 et des techniques de cytométrie de flux réservées à la recherche fondamentale. Ils tentent de démontrer le pouvoir neutralisant des anticorps in vitro.
Les études du CNR v (Centre National de Référence des virus respiratoires) sur les kits commerciaux disponibles pour les laboratoires d’analyse de routine sont réalisées à Lyon, les résultats ne sont pas disponibles.
La question qui fait débat est la suivante : y a t il un test fiable ? Que ne dit pas la RT –PCR que pourrait dire la sérologie si l’on admet que la RT-PCR reste le gold standard pendant la phase sérologique silencieuse ?
Les tests sérologiques appliqués au moins 15 jours après l’exposition au virus ont une spécificité de l’ordre de 98 % et une sensibilité voisine. Ce qui veut dire que si on est positif on a fait la maladie et que si on est négatif soit on ne l’a pas faite, soit le test est trop précoce et un test tardif 15 jours après permettra d’avoir une opinion définitive.
Nous n’avons pas trouvé d’utilité significative au dépistage des anticorps de la classe IGM apparaissant 5 jours avant les IGG, ces anticorps persistent trop longtemps pour permettre de dater l’infection, de plus ils sont moins spécifiques et on peut supposer qu’il y aura quelques faux positifs. Ils ne sont pas utiles dans la démarche épidémiologique et de toutes façons le diagnostic sérologique est un diagnostic rétrospectif inadapté à la phase aigüe malgré les limites de la RT-PCR.
Certains disent que le test serait inutile car il n’aurait pas de conséquences pratiques pour le patient. On pourrait rétorquer : quelle est la conséquence thérapeutique à ce jour en l’absence de traitement validé d’une RT-PCR positive ou faussement négative ?
Nous sommes fermement opposés à cette politique de l’autruche, d’abord pour des raisons purement médicales : un patient doit pouvoir être suivi pour des troubles tardifs neurologiques, cardiaques, etc. qui pourraient apparaître alors que le patient ignore avoir été contaminé. Ensuite, pour des raisons épidémiologiques : vu le nombre de cas atypiques ou non symptomatiques, il est indispensable de traquer les comportements ou les collectivités qui ont été infectées afin de couper la chaine de contamination et de la comprendre. On nous parle de faire intervenir des « brigades d’enquêteurs ». Quels seront les moyens diagnostics à leur disposition ? Et enfin à l’échelon individuel, il est évident que cette incertitude de plus est un obstacle à l’équilibre psychique et à la réinsertion de l’individu confiné dans le monde du travail et la société.
En résumé, un test pertinent qui répond à la seule question fondamentale à ce stade : ai- je fait la maladie ? Alors, pourquoi tant de réticences à promouvoir le test à grande échelle.
On nous parle de fiabilité, la réponse est dans la sensibilité et la spécificité. La sensibilité du test dépend étroitement du moment où le test est réalisé par rapport à la DPE (temps après exposition) et la DPO (temps après apparition des symptômes).
Nous n’avons pas observé dans notre étude portant une cohorte de 600 patients non sélectionnés de situation où une RT-PCR serait positive et la sérologie négative. Il existe cependant un biais, les tests en RT-PCR sont réalisés selon les recommandations de la HAS sur des patients exclusivement symptomatiques. Les anticorps apparaissent en général 15 jours après l’exposition au virus et au plus tard 20 jours après.
Réalisée au bon moment nous n’avons pas de réaction faussement négative, on dit que le test est sensible, avec la réserve exprimée pour tout test sérologique, c’est-à-dire en cas de négativité, pratiquer un test sérologique tardif après 15 jours, afin d’objectiver le cas échéant la séro conversion.
Nous avons procédé au test de nombreux patients dont nous détenions des sérums prélevés il y a plus d’un an, des sérums donc réputés naïfs vis-à-vis de COVID : nous n’avons trouvé aucun patient positif. On peut donc dire que le test utilisé a priori ne met pas en évidence un autre virus respiratoire saisonnier. Le test est donc spécifique.
Un test validé dans nos laboratoires
Matériels et méthodes
Nous avons utilisé un test immuno-chromatographique marqué CE IVD commercialisé par la société franco finlandaise MOBIDIAG et fabriqué en Chine par la société AUTOBIO.
Depuis des mois, des tests sérologiques sont disponibles. Ils ont été validés et portent le marquage CE-IVD qui les qualifie pour une utilisation en routine. Nos laboratoires sont tous certifiés ISO 9001 pour l’ensemble des activités pratiquées. Nous sommes accrédités selon la norme ISO 15189 pour la totalité de nos activités. Nos kits et nos lots sont validés avant toute utilisation
Notre publication sera dans les jours qui viennent disponible en pré-print sur le site MedXriv.org.
Nous avons testé depuis début avril plus de 600 patients non sélectionnés, la répartition selon l’âge est Gaussienne, le plus jeune patient avait 8 mois, le plus âgé 94 ans.
Résultats
Nous allons publier avec deux de mes confrères, Emmanuel Pasquier, ancien Pasteurien, et Simon Pichard, une étude documentée exploitant les résultats de terrain que nous avons obtenus depuis un mois dans l’ouest de la France. Ils sont repris tout au long de cet exposé.
Ces résultats contredisent les modèles prédictifs statistiques.
Ils semblent démontrer que 13% de la population de référence (patients tout venant se présentant à l’accueil du laboratoire) a été infectée par le SARS-CoV-2 alors que pour ce test cette population était vierge avant septembre 2019
Plus de 1% de patients présentent une sérologie positive en l’absence de tout signe clinique rapporté.
C’est beaucoup plus que le modèle extrapolé par l’Institut Pasteur qui extrapole une séro prévalence de 5,8% et n’aborde pas ces patients asymptomatiques.
Cette population asymptomatique n’est pas visible en RT-PCR puisque le test est réservé aux patients exprimant des signes cliniques.
Discussion
La sérologie est un test automatisable très spécifique. Pour le kit que nous utilisons, la spécificité est supérieure à 98 %. Le test est très sensible, permettant un diagnostic rétrospectif pertinent de la contagion. Le test permet de rattraper les insuffisances du test génomique faussement négatif pour de nombreux motifs.
Le test permet de quantifier dans une communauté professionnelle, géographique ou familiale, la pénétrance de l’infection, de rechercher et d’identifier le patient zéro éventuellement hyper contaminant (surtout s’il a été ou est pauci ou asymptomatique).
Certains nous disent que la détection d’anticorps ne signerait pas une quelconque immunité. Rien ne permet d’étayer cette affirmation qui contredit tout ce que nous savons de la réponse immune en virologie en général. On peut imaginer que le COVID 19 fasse exception, mais il n’existe strictement aucun élément de preuve suggérant que les patients contaminés produisant des anticorps produiraient des anticorps non protecteurs. Ce serait une grande découverte.
A contrario, rien ne prouve que la disparition de la positivité d’une RT-PCR soit associée à la fin de l’infection ou plus prosaïquement à un faux négatif.
Rien ne prouve que dès que la RT-PCR devient négative le patient ne puisse pas se réinfecter…Mais c’est improbable.
De toute notre expérience de la virologie, nous n’avons pas connaissance d’une absence d’immunité pendant de longs mois après une infection. La persistance de la protection est une autre chose et c’est ce qui est recherché par la vaccination.
Pour tous ces motifs il nous paraît parfaitement déplacé à la fois de dénoncer un manque de fiabilité du test qui reflète simplement la méconnaissance des mécanismes de la réponse immune et de leur interprétation.
Il est aussi abusif d’opposer des techniques qui ne répondent pas aux mêmes questions.
Le statut sérologique, une notion capitale
La RT-PCR négative ne permet pas de dire que vous n’avez as été contaminé. Un pour cent de la population qui sans avoir eu de signes cliniques est contaminant, cela représente en France une source potentielle de contamination de 650000 personnes à laquelle il faudra appliquer le R zéro correspondant à la qualité du maintien des mesures dites barrière. C’est beaucoup mais non spéculatif.
Un autre risque non maitrisé est apparu à la lumière d’études très récentes sur l’aérodynamique des aérosols ; Ce nouveau risque vient invalider les modèles prédictifs en augmentant le diamètre de la zone de contamination et en démontrant sa rémanence.
On peut légitimement s’interroger sur la conséquence de cette sous évaluation quantitative et qualitative des risques au moment où la population se croit en sécurité.
Seule la sérologie permet d’avoir une idée de la diffusion d’un virus dans une population
Un apport sous-évalué
Le test est techniquement et cliniquement validé, il n’est pas remboursé. Les tests sérologiques vont finir par être remboursés mais leur réalisation sera interdite dans les entreprises. On peut légitimement ce que cette remarque vient faire en pleine publication scientifique, mais on doit aussi se demander quelle autorité légitime doit s’opposer à la médecine. Le minimum dans une collectivité est de connaître la proportion des contaminés et de retrouver la source de cette contamination.
Il y a donc une science officielle, seul un test est recommandé, le test génomique, il est pourtant insuffisant pour le diagnostic et inopérant pour l’épidémiologie, mais surtout il fait échapper à tout suivi médical les patients asymptomatiques.
La défiance organisée autour d’un test qui en aucun cas ne se substitue à la RT-PCR est mal fondée et aboutit à un retard inacceptable dans le remboursement du test. Le bénéfice du test est aujourd’hui réservé à un public informé et motivé. Nous allons essayer de replacer la querelle dans son contexte et de présenter de façon objective l’intérêt médical des sérologies pour l’individu et la société.
Il est certain que des investissements importants ont été consentis pour mettre en place une vingtaine de plateformes à haut débit permettant de garantir une production tardive de tests suffisante pour accompagner le déconfinement c’est au début de l’épidémie que cette capacité était indispensable, dans bien des régions, le virus ne circule plus.
On peut espérer que ceux qui disent que c’est trop tard ont raison et que comme nous le suggère le professeur Raoult, l’épidémie est derrière nous… Et dans ce cas ces plateformes auront été achetées pour rien…Trop tard… 30000 morts après et une économie saccagée.
Le message très politique est que, les tests sérologiques ne seraient « pas fiables », sans pour autant dire en quoi ils ne le seraient pas. Simplement parce que l’Institut Pasteur n’a pas eu le temps ou la volonté ou les moyens de se prononcer sur des tests conçus ailleurs. On n’observera que ces tests ne sont pas retirés du marché pour une quelconque dangerosité. Si des tests dangereux étaient commercialisés en France, la responsabilité de ceux qui ont mission de les tester serait engagée…
Le CNR (Centre National de Référence) a été chargé, il y a des semaines de valider les méthodes sérologiques du marché, rien n‘a été publié. La sérologie n’avait d’intérêt que pour le déconfinement : nous y sommes.
Des contradictions apparaissent : ces tests ne permettraient plus d’obtenir un « Passeport COVID », document fantasmatique dont l’utilisation n’est pas documentée. Serait-ce une sorte d’ausweis garantissant un droit de circuler, un certificat de non contagion, un permis de travail?
Au minimum on peut dire que le terme de « Passeport » est très malheureux.
On suggère que ces tests pourraient servir au « dépistage » de masse des professionnels de santé et en même temps que ces tests seraient interdits dans les entreprises. Cela ne paraît pas très cohérent.
La position française s’est souvent écartée de la pratique observée dans les pays où la pandémie a été contenue. On a ainsi voulu adapter la réalité à nos moyens. La vérité scientifique ne permet pas ces compromis dans le domaine des performances analytiques des tests.
On nous dit que de grandes quantités de tests ont été commandées tant par l’Etat que par l’armée. Quels tests, sur quels critères ont-ils été livrés, ont-ils été vraiment commandés ?
La place du diagnostic sérologique du SARS-CoV-2 va devenir essentielle
Le diagnostic sérologique est à placer dans le contexte général des méthodes de diagnostic. Il les complète et en est indissociable. Il s’agit d’un diagnostic d’expert qui nécessite la capacité d’appréhender les limites des techniques et de tenir compte d’éléments non biologiques. Il impose d’avoir une idée de la date présumée de la contamination et de comprendre l’histoire naturelle des deux formes de la maladie, la forme bénigne et la forme grave qui, dans 15 % des cas, va frapper des individus prédisposés.
Le diagnostic biologique a toute sa place dans une pathologie dont la clinique est peu spécifique et qui si elle est spontanément résolutive dans la majorité des cas n’en débouche pas moins sur 15% de formes graves potentiellement mortelles en l’absence de traitement.
L’image au scanner de la maladie est celle d’une pneumopathie interstitielle bilatérale débutant généralement à la base et habituellement spontanément résolutive. Elle n’est pas typique.
La deuxième phase, la phase grave de la maladie, n’est pas directement virale. Elle est à ce jour inaccessible aux traitements antiviraux et probablement aux sérothérapies. Le statut sérologique n’apporte rien au diagnostic. Il n’y a pas de spécificité connue de la réponse immune dans la forme grave de la maladie. Une chose est certaine, les patients gravement atteints produisent beaucoup d’anticorps.
Il n’existe pas de tests de laboratoire explorant cette phase impliquant pourtant des anticorps.
Conclusion : il faudra bien tester l’ensemble de la population
Le diagnostic de l’infection par le Covid repose sur l’exploitation raisonnée d’éléments cliniques, biologiques et radiologiques. Il doit déboucher sur un dialogue clinico biologique et l’intérêt du test doit être expliqué au patient. Le diagnostic de certitude passe nécessairement par la consolidation des données du diagnostic génomique et sérologique. La sérologie donne des renseignements indispensables d’ordre médical et épidémiologique. C’est un test reproductible, sensible, spécifique et adapté à une réalisation à grande échelle. Le rôle du diagnostic sérologique n’est pas exclusivement épidémiologique. Il contribue au diagnostic positif de l’affection COVID 19, là où on rencontre les limites du diagnostic en RT-PCR trop souvent faussement négatif. Seul le diagnostic sérologique permet de suivre a posteriori l’ensemble des patients victimes du COVID 19 et ceci en particulier pour appréhender l’ensemble des conséquences à long terme de la maladie. Dans notre expérience, des erreurs de diagnostic sont rattrapées, dues à l’insuffisance des tests de RT-PCR ou à une erreur de diagnostic excluant la décision de dépister, par exemple des diagnostics erronés d’angine banale. Ceci est regrettable pour le patient, son entourage et la recherche non réalisée de l’origine de la contamination. Dans une population donnée non symptomatique, il est possible de prouver l‘existence d’une filière de contamination y compris professionnelle, ceci est d’autant plus vrai qu’il existe des formes bénignes ou inapparentes. Nous sommes très étonnés de constater qu’un CNR n’a pas à ce jour vérifié les performances des tests automatisables, alors que nous estimons que c’était urgent et aurait dû précéder le déconfinement. Ce n’est en effet pas la première fois que de façon étrange des tests ne sont pas validés dans des délais raisonnables par une autorité influente. On note une forme d’impréparation des pouvoirs publics à cette pandémie annoncée depuis un siècle. Des décisions sont différées sous couvert d’une querelle galiléenne sur l’intérêt de la sérologie dans le diagnostic biologique d’une maladie virale. La décision stratégique de confiner ou déconfiner est une décision politique La modélisation fondée sur des data erronées est en revanche très critiquable. On ne peut pas ici sous-estimer les conséquences d’avoir à faire face à des troubles sociaux et économiques majeurs à l’occasion d’une pandémie. On ne peut pas non plus passer sous silence la pression psychologique qui pèse sur un individu qui ignore s’il a été infecté ou pas, ni dans quelles circonstances, ni s’il sera exposé à des complications.