Les chercheurs du Oak Ridge National Laboratory (ORNL) des Etats-Unis ont eu recours à la réalité virtuelle pour étudier le virus SRAS-CoV-2 à l’origine de la pandémie de COVID-19. Ils ont utilisé des neutrons et des rayons X pour cartographier une partie de la structure interne du coronavirus et créer un modèle 3D précis. Ils ont cartographié la protéase principale (Mpro), une enzyme impliquée dans la réplication du virus, à laquelle ils avaient ajouté une petite molécule préliminaire découverte grâce à un criblage informatique à grande vitesse.
En utilisant la RV pour examiner le modèle d’enzyme, les scientifiques ont construit virtuellement différentes petites molécules en modifiant leurs structures pour voir si les composés nouvellement conçus pouvaient s’adapter, ou se lier, à un site clé sur la surface de l’enzyme Mpro. Une liaison suffisamment forte pourrait inhiber, ou bloquer, le fonctionnement de l’enzyme, ce qui est vital pour empêcher le virus de se multiplier chez les patients atteints de COVID-19.
«Notre étude a été conçue pour mieux comprendre comment les molécules se lient au site actif de l’enzyme Mpro, qui joue un rôle clé dans la réplication du SRAS-CoV-2 », a déclaré l’auteur principal Daniel Kneller. Les détails de l’étude, intitulée « Structural, electronic and electrostatic determinants for inhibitor binding to subsites S1 and S2 in SARS-CoV-2 main protease », sont publiés dans le Journal of Medicinal Chemistry.