Covid-19: étrange recul de la pensée scientifique en France (première partie)

“Pour le moment, il voulait faire comme tous ceux qui avaient l’air de croire, autour de lui, que la peste peut venir et repartir sans que le coeur des hommes en soit changé.”

La Peste, Albert Camus, 1947.

La pandémie met nos systèmes de pensée à l’épreuve. Tous les angles morts de nos conceptions sont testés. Toutes les petites accommodations avec le relativisme sont balayées. C’est ce qui se passe devant nous, en ce moment, même si nous n’en avons pas toujours conscience. Les conséquences pour l’avenir pourraient être sérieuses dans certains pays.

Une pandémie qui est tout sauf un Cygne Noir

Au cours des deux dernières décennies, trois épidémies zoonotiques hautement pathogènes de béta-coronavirus se sont développées. La première était le coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV) en 2002, qui a infecté plus de 8 000 personnes et en a tué 800. S’en est suivi en 2012 le syndrome respiratoire du Moyen-Orient, MERS-CoV, une maladie difficile à transmettre mais un virus hautement létal, avec 2294 cas en 2019 et 35% de mortalité. La troisième, le SRAS-CoV-2 est la cause de la maladie respiratoire sévère COVID-19. Il a été signalé pour la première fois en Chine fin 2019, et a déclenché une épidémie qui s’est rapidement propagée à l’échelle mondiale pour devenir une pandémie aux effets dévastateurs, sans précédent depuis la deuxième guerre mondiale; plus de 2,5 millions de cas confirmés de COVID-19 et plus de 175 000 décès. Nous n’avons toujours pas de traitement antiviral, ni de vaccin. Les possibilités thérapeutiques sont réduites. Pour les malades graves elles se sont améliorées et sont basées sur la prise en charge de la détresse respiratoire et de l’hypoxémie par l’oxygénothérapie, sur les anticoagulants, le traitement de l’orage cytokinique et les antiviraux (héparine, dexaméthasone et remdésivir). C’est pourquoi le risque de débordement des capacités de ventilation non invasive ou assistée et de réanimation a obnubilé les gouvernements surtout après l’analyse des conséquences de l’épidémie à Wuhan et dans le nord de l’Italie. Ils savaient que n’ayant pas maîtrisé la transmission initiale et compte tenu de l’absence de plan pandémie respiratoire dans les hôpitaux (déploiement rapide de lits aigus) le risque d’être submergé allait se réaliser.

De l’histoire à la virologie, la question était: quand?

Les coronavirus pathogènes

Personne ne peut en effet estimer une seconde que la Covid-19 est un événement inattendu, insolite, incroyable. Et ce même si l’astrologie ne l’avait apparemment pas vu venir (1). Même si les services secrets ont été apparemment bernés (2) l’essentiel n’est pas là. Tout, au contraire, sur le plan des connaissances épidémiologiques était annonciateur d’une possible épidémie ou pandémie et en particulier à coronavirus. Le SARS de 2003 et le MERS toujours actif avaient démontré la capacité de ces coronavirus pathogènes pour l’homme à déclencher une épidémie mortelle. Nous savons depuis longtemps que le réservoir zoonotique est un monde complexe des chauves souris au pangolin en passant par d’autres hôtes comme le chameau au moyen orient. La plupart de ces animaux ne sont consommés qu’en Chine et en Afrique. Aucune justification ne peut être trouvée à une quelconque impréparation des organisations étatiques ou internationales dans ce domaine. 

L’histoire des pandémies

De même, pour ceux qui s’intéressent à l’histoire de l’humanité, l’événement pandémie est tout sauf une surprise (3). La peste bubonique et la peste pulmonaire sont connues depuis l’Antiquité et ont tué des millions d’humains. La grippe de 1918 a entraîné en 1919 une résurgence plus mortelle que la phase sporadique. Ces pandémies ont déclenché en leur temps des réactions multiples et inspiré des œuvres littéraires ou picturales (Figure N°1). l’avantage des temps religieux c’est que D.ieu était invoqué en assimilant la pandémie à une calamité diabolique ou à une punition mais que personne n’attendait une prédiction levant l’incertitude tant les voix du Seigneur demeurent impénétrables… De nos jours, en plein relativisme progressiste, la vox populi, qui est souvent celle des médias, s’est entichée de gourous pour soulager son incroyable incapacité à soutenir un niveau d’incertitude dont même le souvenir a disparu avec la société d’abondance. Cruel effet boomerang ces gourous se sont révélés pires que le virus! Au final cette pandémie d’un nouveau coronavirus, c’est déjà une étrange défaite de la prévision, de l’anticipation en face d’un groupe de virus qui a frappé au moins deux fois et alors que la liste des pandémies connues est longue. 

Figure N°1: Sainte Rosalie intercédant pour les pestiférés de Palerme. Les croyants ne niaient pas le réel mais demandaient simplement l’intercession du Tout Puissant. Van Dyck's, 1624 (détail). Photographie: Le Metropolitan Museum of Art / Art Resource / Scala, Florence.

Des textes d’alerte prémonitoires 

Les écrits restent. Comment ne pas citer ces deux articles du New England Journal of Medicine?

“La seule bonne nouvelle de la tragique épidémie d’Ebola en Guinée, en Sierra Leone et au Libéria est peut-être qu’elle peut servir de signal d’alarme: nous devons nous préparer à de futures épidémies de maladies qui pourraient se propager plus efficacement qu’Ebola. Il y a de fortes chances qu’une épidémie d’une maladie beaucoup plus infectieuse se produise au cours des 20 prochaines années; après tout, nous avons été témoins d’épidémies majeures au cours du XXe siècle, notamment l’épidémie de grippe espagnole de 1918-1919 et la pandémie actuelle du virus de l’immunodéficience humaine. En fait, de toutes les choses qui pourraient tuer plus de 10 millions de personnes dans le monde, la plus probable est une épidémie provenant soit de causes naturelles, soit de bioterrorisme.” Bill Gates, le 9 Avril 2015 (4).

“Au cours des dernières décennies, le monde a enregistré des progrès incroyables dans la réduction de la mortalité infantile et la lutte contre les maladies infectieuses. Grâce à de meilleurs vaccins et à d’autres interventions, la mortalité infantile a diminué de plus de 50% depuis 1990. Nous sommes sur le point d’éradiquer la polio. Le VIH n’est plus une condamnation à mort. Et la moitié du monde est désormais délivrée du paludisme. Pourtant, il y a un domaine dans lequel le monde ne fait pas beaucoup de progrès: la préparation à une pandémie. Cet échec doit nous préoccuper tous, car l’histoire nous a appris qu’il y aura une autre pandémie mondiale mortelle. Nous ne pouvons pas prédire quand, mais étant donné l’émergence continuelle de nouveaux agents pathogènes, le risque croissant d’attaque bioterroriste et la connectivité toujours croissante de notre monde, il y a une probabilité significative qu’une pandémie moderne et mortelle se produise au cours de notre vie.” Bill Gates, le 31 Mai 2018 (5).

Ces deux articles exposent les motivations et les preuves de l’alerte lancée par la Fondation de Bill et Melinda Gates. L’auteur ne joue pas les Cassandre mais au contraire examine les raisons de se préparer même si on ne considère que l’évaluation basse du risque de pandémie.

Hypothèses concernant la circulation des coronavirus SARS-CoV et l’exemple d’Ebola

Dans un article de 2015 (6) plusieurs équipes de chercheurs associées ont étudié les scénarios possibles de circulation des coronavirus de type SARS-Cov du réservoir zoonotique à l’homme. Ils ont attiré l’attention dès 2015 sur une possible transmission à l’homme. “L’émergence du coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV) et du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS) -CoV souligne la menace d’événements de transmission inter-espèces conduisant à des épidémies chez l’homme. Nous examinons ici le potentiel pathogène d’un virus de type SARS, le SHC 014-CoV, qui circule actuellement dans les populations chinoises de rhinolophes ou chauves-souris fer à cheval. En utilisant le système de génétique inverse SARS-CoV, nous avons généré et caractérisé un virus chimérique exprimant la spike protéine du coronavirus de chauve-souris SHC 014 dans un squelette SARS-CoV adapté à la souris. Les résultats indiquent que les virus codant pour la protéine spike SHC 014 dans un squelette de type sauvage peuvent utiliser efficacement plusieurs orthologues du récepteur humain de l’enzyme de conversion de l’angiotensine II (ACE2), se répliquer efficacement dans les cellules des voies respiratoires humaines primaires et atteindre des titres in vitro équivalents à l’épidémie de SARS-CoV. De plus, des expériences in vivo démontrent la réplication du virus chimérique dans le poumon de souris avec une pathogenèse notable. L’évaluation des modalités immunothérapeutiques et prophylactiques basées sur le SARS a révélé une faible efficacité; les approches par anticorps monoclonal et vaccin n’ont pas réussi à neutraliser et à protéger de l’infection par les CoV en utilisant la nouvelle spike protéine. Sur la base de ces résultats, nous avons re-dérivé synthétiquement un virus recombinant SHC 014 de pleine longueur, infectieux et démontrons une réplication virale robuste à la fois in vitro et in vivo. Nos travaux suggèrent un risque potentiel de résurgence du SARS-CoV à partir de virus circulant actuellement dans les populations de chauves-souris”. L’abstract de l’article décrit précisément le danger. Ce travail met aussi en perspective les thèses complotistes et leurs incroyables affirmations. 

Dans son édition de Juillet/Août 2018, The Atlantic publie un article qui annonce une prochaine pandémie (7). L’histoire réelle d’Ébola est rappelée. Depuis 1976 au Congo une épidémie fait régulièrement résurgence, celle du virus Ébola. Ce virus une fois identifié a quasiment disparu pendant 20 ans. Puis il est revenu avec toujours une mortalité élevée. Ed Yong est un journaliste talentueux et précis, il énumère dans l’article des faits et les rapproche au-delà de temporalités différentes. Il a aussi un pressentiment: les sociétés occidentales ne sont pas plus que le Congo préparées à une pandémie en dépit de la différence abyssale de richesse. Sa narration parallèle des positions d’Antony Fauci et de Donald Trump est un vrai morceau de prédiction devenue réalité. Ainsi ce ne sont pas les signaux qui ont manqué, c’est leur réception et/ou leur compréhension par des gouvernements qui dans les sociétés développées dépensent beaucoup pour des motifs sociaux en général et très peu pour des motifs de survie aux catastrophes en particulier. Plus l’état providence est obèse moins l’état régalien est prêt, un paradoxe rarement souligné qui éclate au grand jour. 

Les modèles un instrument indispensable de décision politique

Produire des prévisions avec un faible intervalle de confiance pour une épidémie d’un virus pathogène émergent est un défi de taille. Chaque donnée est entourée d’une grande incertitude, les statistiques sont au mieux en retard, la compréhension de la dynamique de la maladie est fragmentaire, l’environnement économique est crucial et les effets des interventions très incertains. Dans ce contexte, des modèles épidémiologiques détaillés sont très utiles à condition que l’on puisse disposer de données en temps réel. En 2004 est décrit (8) un tel modèle basé sur les interactions des agents de la maladie (Figure N°2).

Modèle de transmission de la grippe aviaire

Dans un article (9) paru en 2017, les auteurs décrivent un tel modèle pour le virus Ebola. Les modèles de réseau basés sur des agents conçus pour les maladies infectieuses comportent trois éléments clés: une population synthétique réaliste, un réseau de contacts sociaux parmi les individus de la population et un modèle de maladie approprié. Les agents mis en œuvre dans ce modèle ont servi à prévoir l’épidémie d’Ebola 2014-2015 au Libéria, et par la suite les prévisions sur d’Ebola. Les auteurs concluent en soulignant comment une telle approche fondée sur les données peut être affinée et adaptée aux futures épidémies. Ainsi ces modèles donnent des prévisions bornées par un intervalle de confiance avec une probabilité habituellement < 0,05.

Le déni de réalité

Gouverner c’est prévoir. Non pas les prochaines élections mais d’abord ce qui relève des menaces existentielles pour un peuple et les épidémies en font partie comme d’autres catastrophes naturelles. Comment une épidémie née à Wuhan, dévastant la ville et la province du Hubei qui compte 55 millions d’habitants, détruisant peu après le système de soins de l’Italie du Nord a-t-elle pu être négligée, niée jusqu’au dernier moment en France, jusqu’à la quasi certitude qu’un nombre considérable de malades graves nécessitant de la réanimation (10) allaient submerger un système de soins impréparé ? 

Une “grippe ou presque”

L’immense déni a de multiples causes. Le biais de confirmation a trouvé des éléments dans la pseudo science. “Influenza et Corona c’est probablement à peu près la même chose » se sont dit certains adeptes de la pensée rapide. Cette approximation minorative ne résistait déjà pas à l’analyse au début de l’épidémie. Pourtant certains l’achetèrent comptant, surtout comme un remède à l’incertitude qu’ils n’appréhendaient pas et que le gouvernement français a écarté jusqu’au dernier moment. Comme on ne savait rien en Europe de ce virus en particulier, il valait mieux le traiter comme les virus qui donnent des signes cliniques semblables en général. Une défaite qui ressemble à une gifle (Tableau N°1). 

Tableau N°1: Comparaison entre la grippe saisonnière et la Covid-19. *SDRAA syndrome de détresse respiratoire aiguë de l’adulte. °AVC accident vasculaire cérébral.

D’autres comparaisons plus détaillées ne laissent plus de doute (Figure N°2), il n’y a pas de similitude ni dans la mortalité ni dans le profil des classes d’âge.

Figure N°3: Case Fatality Rates (CFR)  de trois viroses pulmonaires, SARS (SARS-Cov), Covid-19 (SARS-CoV-2), Grippe saisonnière  (Influenza) par tranches d’âges de 5 ans. SARS = severe acute respiratory syndrome. COVID-19 = coronavirus disease 2019. CrI = intervalle crédible. CI =  intervalle de confiance (10).

Ensuite cette identification à une grippe est devenue un véritable déni que beaucoup ont assumé en se disant que finalement cela allait passer et qu’on oublierait. Ensuite et au fur à mesure de la transmission il y a eu le double piège de ne jamais dire la vérité et de ne jamais reconnaître son erreur… Ceci dit d’autres politiciens européens ont aussi été dans le déni (11). On peut estimer que certains ont été trompés par l’effet du train entrant en gare. Nous étions en pleine expansion de la Covid-19 et le TGV de la pandémie était assez loin pour faire croire à une micheline de montagne entrant en gare à petite vitesse. La comparaison factuelle (Figure N°4) avec les autres maladies infectieuses est sans appel et nous sommes maintenant en Décembre 2020. Certains ont reconnu leur erreur mais rarement en Europe. Au contraire, sans vergogne, les mêmes ont alors lancé la comparaison avec les maladies chroniques pour faire valoir l’idée que la Covid-19 n’était pas une épidémie dangereuse. The Economist leur a répondu (Figure N°5). 

Figure N°4: L’état évalue la mortalité de la grippe au moyen du calcul de la surmortalité plusieurs mois après. Quand les officiers d’état civil ont renvoyé les avis de décès. On ne diagnostique pas les influenza, les autres virus saisonniers, par leur matériel génétique (rt-PCR) pour avoir un décompte même dans des échantillons. On ne soustrait pas les décès par aggravation saisonnière des maladies respiratoires chroniques due à d’autres causes (bactériennes, asthme, insuffisance cardiaque).  Les autorités calculent avec les moyennes de surmortalité des années précédentes et d’autres facteurs une mortalité grippale évaluée dans un modèle prédictif. Pour le Sars-CoV-2 les cas confirmés sont soit des porteurs de l’ARN viral dans le nez soit les patients atteints d’une pneumonie caractéristique au scanner. Ce sont donc des cas réels et la mortalité est certaine même si elle est sous-estimée car de nombreux patients n’ont pas été testés. De même pour les autres maladies mentionnées le diagnostic et la mortalité sont certains (17 novembre 2020).

Figure N°5: Comparaison avec les maladies chroniques connues au cours de la phase sporadique de la Covid-19 (12)

Un temps de latence avec la Chine qui n’a pas été employé à s’organiser

Le 14 février, âgé de 80 ans, un touriste chinois arrivé en France le 23 janvier 2020 en provenance de Wuhan et positif au SARS-CoV-2 décède dans le service de réanimation de l’hôpital Bichat, à Paris. C’est le premier décès de la pandémie Covid-19 en France mais pas le premier cas. En réalité récemment Cohen et collaborateurs ont publié le cas d’un patient ayant présenté en novembre 2019 une pneumonie atypique dont ils ont récemment testé l’écouvillonnage avec le rt-PCR du SARS-CoV-2. Il s’est avéré positif. En réalité très tôt, nous savons qu’en Chine ce n’est pas une grippe c’est une catastrophe: les hôpitaux de Wuhan manquent de lits (13). Le 23 janvier, la Chine annonce qu’elle construit deux nouveaux hôpitaux pour y faire face (Figure N°5). L’un a ouvert le 3 février, le second le 6 février. Il est peu vraisemblable que notre consulat à Wuhan n’ait pas transmis des informations cruciales au gouvernement français à ce sujet. Ces faits qui s’enchaînent très vite traduisent une épidémie grave et explosive. Cependant, la perte la plus ressentie en Chine est peut-être celle de Li Wenliang, un médecin décédé le 7 février à l’âge de 34 ans. Pourtant ni le gouvernement ni les administrations français ne sont en alerte. “Il faut rassurer” les Français car en Mars auront lieu les municipales. Une des plus grosses bévues sera de rassurer les Français en affirmant que tout est réglé ou presque puisque Wuhan est confinée. Comme si avant ce confinement personne n’était arrivé en Europe et en France en provenance du Hubei! Le virus était déjà en train de se transmettre à partir de ces cas sporadiques et ce de manière exponentielle. Beaucoup plus tard, un confinement indifférencié prolongé (CIP) sera décidé en France le 17 mars 2020. Le déconfinement (en réalité un confinement plus différencié et sélectif) le remplacera le 11 mai. 

Figure N°6: Une image de la télévision chinoise montrant l'hôpital Huoshenshan (14) (1000 lits) partiellement construit à Wuhan. China Network Television (CNTN)

Ce qui est frappant dans ce premier aperçu c’est l’imprévision de l’organisation sanitaire dans notre pays. Alors que nous dépensons plus que la moyenne des pays de l’UE pour les soins, nous sommes dépourvus d’organisation en cas d’urgence sanitaire. A force de mélanger la santé des populations et l’assurance maladie ce qui n’a presque rien à voir nous voilà devant une réalité tragique: l’état peine à rendre le système de soins efficace et il a abandonné la santé publique. La deuxième constatation est l’absence d’anticipation de la sortie du confinement. Pendant ces 55 jours d’arrêt des activités économiques non vitales les ressources humaines de l’administration n’ont pas été mobilisées vers le front office, là où le besoin est réel par exemple pour organiser le traçage et l’isolement de patients porteurs du virus ou bien la protection renforcée des personnes fragiles qui doivent éviter tout rassemblement intérieur. Car il faut le souligner, l’isolement est la clé de l’interruption de la transmission. Tester est vain si il n’y a pas l’isolement certain, assisté mais contraint. Dans une série de deux échecs, les énarques au pouvoir incapables de comprendre la dynamique de la pandémie, ont réagi un peu comme si il n’y avait chaque fois qu’une réponse binaire: nier ou subir la pandémie, confiner brutalement tout le monde longtemps ou bien laisser faire, choisir entre l’économie et le virus. Ces stéréotypes binaires sont des signes du recul de l’approche scientifique et de la prépondérance de la pensée rapide. Ce sont les choix inadaptés des communicants pour les unes de la presse du lendemain. Ces choix conviennent pour les temps calmes où les politiques se sont habitués à faire confiance à l’aphorisme d’Henri Queuille tant il leur a réussi. En revanche, ils entraînent des morts quand un virus très pathogène demande une action ciblée et rapide. Mais en même temps, comme nous le verrons, ils vont entraîner un grand chaos économique sans prévenir les résurgences.

(1) https://www.nytimes.com/2020/05/09/style/coronavirus-astrology-predictions.html?smid=tw-share

(2) https://www.marianne.net/politique/coronavirus-comment-les-services-secrets-francais-n-ont-rien-vu-venir?fbclid=IwAR3hA6lPPV8FFF71lurAii3axbrqsOeyAhl7omPgX-f072FzOYK4s4su6cI

(3) https://www.businessinsider.fr/us/epidemics-pandemics-that-almost-wiped-out-mankind-2011-9

(4) https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMp1502918?query=featured_infectious-disease

(5) https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMp1806283

(6) https://www.nature.com/articles/nm.3985

(7) https://www.theatlantic.com/magazine/archive/2018/07/when-the-next-plague-hits/561734/?fbclid=IwAR3hk143gE3RWxZi-ambcVT6hLbiMUM74ruVDvajd7905vwQVf6jmsCbmBE

(8) https://arxiv.org/pdf/nlin/0403035.pdf

(9) https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1755436517300221?via%3Dihub#fig0005

(10)https://www.businessinsider.fr/us/times-world-leaders-downplayed-the-coronavirus-threat-2020-4

(11) https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7156221/

(12) https://www.lesoir.be/299879/article/2020-05-10/maggie-de-block-nous-ne-retrouverons-peut-etre-plus-jamais-notre-vie-normale

(13) https://www.economist.com/graphic-detail/2020/05/01/covid-19-has-become-one-of-the-biggest-killers-of-2020

(14) https://www.businessinsider.fr/us/wuhan-coronavirus-chinese-doctors-overwhelmed-sick-even-dying-2020-2

(15) https://fr.wikipedia.org/wiki/H%C3%B4pital_Huoshenshan

Image par Sumanley xulx de Pixabay